《新世纪福音战士 EVA 第1卷 使徒、来袭》:公元2015年,一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的联合国军,将那生物称作“使徒”,并予以猛烈地攻击,但全部失败。就连威力蕞大的N2炸弹,也只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时,一个名为碇真嗣的少年接到阔别十年的父亲的信,被其父呼唤至第三新东京市地下的 NERV 本部。面对许久不见的儿子,碇司令所说的只是:“坐上EVA。”真嗣拒绝接受命令,但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时,他改变了自己的决定……
《新世纪福音战士 EVA 第2卷 短刀与少年》:面对冷漠的父子态度,美里提出要与真嗣同住的要求,并且对真嗣作战的成绩表示赞赏,但真嗣希望这话是出自另一人之口……在没有受过特殊训练的情况下,真嗣与EVA 达成同步并和使徒作战。因为真嗣不熟悉操作,也无实战经验,在遭到使徒的攻击后,为保护同学,冒险作出了一个决定……
《新世纪福音战士 EVA 第3卷 白色伤痕》:绫波丽是EVA零号机的专属驾驶员。她在真嗣调来第三新东京市的三周前的零号机启动实验中,因事故受伤。在学校,她无口无心无表情的性格使得没有人与她交往。但真嗣却见到她微笑着与自己父亲交谈,于是对丽产生了兴趣。第五使徒袭来,刚被发射出的初号机就遭到了高热加粒子炮的攻击……
《新世纪福音战士 EVA 第4卷 明日香、来日》:新的使徒来袭,真嗣和明日香奉命出击,却因为默契太差而被打得落花流水。为此,美里提出了一套作战方式,要求两人必须住在同一所房子里,从而培养出超佳的默契。通过培训,真嗣看到了明日香的另一面,也改变了对她的看法!